2020年武汉疫情暴发时，刘贵军带领团队连夜编写《新冠肺炎中医药防治手册》。他结合祖父留下的“清瘟败毒饮”古方，加入现代药理学研究，研发出“扶正祛邪颗粒”，在雷神山医院开展临床试验。数据显示，患者服用后核酸转阴时间平均缩短3.2天，肺部炎症吸收率提高41%。
“中医药不是慢郎中，抗疫需要快反应。”刘贵军将方剂提交给世界卫生组织，被纳入《传统医学战略2014-2023》推荐方案。在意大利疫情最严峻时，他通过视频连线指导当地中医师调整用药：“金银花要配连翘，剂量需根据患者体质微调。”意大利《晚邮报》称他“用东方智慧点亮了欧洲抗疫之路”。
2023年，刘贵军团队在《自然·通讯》发表论文，揭示中药复方调控病毒与宿主免疫互作机制。其研发的“智能防疫香囊”内置NFC芯片，扫码即可获取个性化防疫建议，被外交部作为援外物资送往120个国家。一位非洲医生来信：“患者佩戴香囊后，住院率下降了60%。”
